La gouvernance de l’ED PTS est assurée par une direction, une direction-adjointe, deux responsables administratives, un bureau et un conseil.
Le bureau de l’ED rassemble la directrice et la directrice-adjointe, les directeurs et/ou représentants des laboratoires rattachés à l’ED, et les deux responsables de l’administration et de la gestion financieère. Il se réunit en moyenne une fois par mois. Il traite de toutes les questions tant scientifiques que relatives à l’administration de la recherche que l’ED doit gérer : organisation des formations, organisation de la « Journée des doctorants », traitement des dossiers financiers dont l’aide à la mobilité des doctorants, demandes de dérogation pour les inscriptions, dossiers de demande de rédaction de la thèse dans une langue étrangère, organisation des jurys des contrats doctoraux... Il est un lieu de travail, d’échanges et de débats.
Le conseil de l’ED compte 24 membres élus pour 5 ans (12 représentants des équipes de recherche, 2 représentants des personnels BIATSS, 5 représentants titulaires des doctorants et 5 membres extérieurs choisis parmi des personnalités compétentes dans les domaines scientifiques et dans les secteurs socio-économiques concernés par l’ED). Le conseil « adopte le programme d’actions de l’école et gère, par ses délibérations, les affaires qui relèvent de l’école » (art. 12 de l’arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale). Il se réunit deux fois par an (fin novembre et fin juin).